火焚身亡，有的说是化装出逃流亡海外，众说纷纭莫衷一是。
朱棣为稳定人心平息流言，登位后亲自指认火中残骸为建文帝，假模假样痛哭一场，下旨追谥为孝愍皇帝，予以公开发丧。
私下却派遣锦衣密探四出侦缉，生要见人死要见尸，务把建文帝及亲近臣属斩草除根，免得有朝一日有样学样重新夺回大明江山。
锦衣密探侦缉各地都没有发现建文帝踪迹，朱棣便把怀疑目光转向海外，特地派遣心腹太监郑和率庞大舰队七下西洋，表面宣扬国威耀兵异域，真实目的搜寻建文帝下落，避免效仿虬髯客建国海外，有朝一日挥师中原报仇雪恨。
锦衣密探奉令跟随舰队远航南洋，每到一地便秘密建立情报站点，派遣精干密探侦缉刺探刺探建文帝下落。
终朱棣一朝建文帝始终不知所踪，嗣后明仁宗朱高炽继位，一反老爹穷兵黩武政策，搜寻建文帝也渐渐由紧转松，最后自然终止不再过问。
锦家卫千辛万苦设立的海外情报站点失去作用本应撤销，时任锦衣卫指挥使刘勉发现海商生意大有赚头，私下利用海外情报站点大做走私买卖，驻扎南洋诸岛的锦衣密探全都转行成为海商，倚仗锦衣卫权势垄断海外贸易，年深日久发展成为南洋巨族，大发横财独霸一方，就连锦衣卫指挥使都渐渐不能控制。
嘉靖年间倭寇横行，锦衣卫指挥使陆炳出身江南世家，早就有心通过海商生意大发横财，借口剿倭在高丽、日本、琉球等国秘密设立海外情报站点，明面搜集情报以备军用，暗地联合江南世家大搞走私买卖，与南洋海外锦衣密探争夺海外贸易控制权，明争暗斗不亦乐乎。
利益面前无父子，眼看海外锦衣密探自相残杀两败俱伤，倒让跨海而来的西夷占了便宜，陆炳懊悔之余出面说合，最后约定每隔五年比武较技，获胜的独享海外贸易控制权，至第六年再重新比试确定。
无论哪方获胜都要把五成利益让给锦衣卫和江南世家，如此一来利益均沾皆大欢喜，不致明争暗斗自损元气。
甲申国难崇祯皇帝自尽煤山殉国身亡，逃到江南的明室遗臣拥戴蛤蟆天子朱由崧袭位金陵，改元弘光，想要收买人心下旨定建文帝庙号惠宗，谥号让皇帝，把建文帝一脉重新纳入皇家宗谱。
然而建文帝的最终归宿始终成谜，即使神通广大无事不侦的锦衣卫也是语焉不详，始终没有给出权威定论。
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