以开原县公黄得功担任陆军左都督，以武英伯红娘子担任陆军右都督。
黄得功的公爵是在甘肃、青海大战之后因功晋升的，因其原籍辽东三万卫，昭武在辽东设府县后，该地为咸平府府治开原县，故封其为开原县公。
除此外，黄得功还兼任边防军总署长官，红娘子则兼任禁卫军总署长官，以南川乡男马科为卫戍军总署长官，皆简称总长。
海军都督府依旧以南安侯郑芝龙任左都督，右都督暂且虚置。
之后便是对大明内河水师及海军的改编及定制了。
废除原来各省水师之制，皆归入海军都督府下黄河水师、长江水师、北海水师、东海水师、南海水师、南洋水师、西洋水师、东洋水师八大部。
各水师最高指挥官为提督，另以副提督一至数名协助之。
水师下辖舰队，如归入南洋水师的原水师第十一镇，按新制改名为南洋水师第一舰队，舰队长官依旧为总兵或副总兵。
舰队下辖分舰队，长官为参将或游击。
每支分舰队下辖舰船不等，舰长为千总、把总、哨长皆可，亦可统称为舰长。
所以，各个水师也会因所巡航海域大小、所担负任务轻重，下辖舰船不等。
第一次划分为黄河水师一镇、长江水师两镇、北海水师三镇、东海水师两镇、南海水师两镇、南洋水师三镇、西洋水师两镇、东洋水师三镇。
恰好将原来水师十七镇分完。
另外值得一提的是，御林军青龙营在过去数年间，一直在水师各镇吸收精锐，目前将士人数已经超过了一万，实际也是一镇的编制。
以每镇约一万两千人计算，大明现如今有二十万余水师将士！
除了对水师进行了大调动外，军务院还拿出了此前朱媺娖曾在监国时期短暂实行过的士兵分级制度。
朱媺娖登基后，在废除卫所制的同时，也实际停用了原来的大明军衔。
所以，如今大明将士都是没有军衔的，但获得爵位的门槛却降低了。
至于这次重新实行士兵分级制度，和军衔、爵位都没关系，纯粹是为了激励普通将士提升个人军事素养。
该军务院命令下，士兵将分为新兵、列兵、劲卒、锐士四个等级。
在新兵营训练者为新兵，通过训练进入各部队者为列兵，之后可以累功升为劲卒及锐士。
不过，将士只要不是新兵，不管是列兵、劲卒还是锐士，都不影响其被提拔为军官。
···
这一连串的军队变动之后，朱媺娖最关心的却是东洋水师的组建。
到了二月中旬，东洋水师首任提督郑彩，及以总兵之职兼任副提督的阎应元，来到南京面圣。
“参见陛下！”
“平身。”
“谢陛下。”
礼毕，朱媺娖直接问：“太平洋水师如今已经整编好了吧？”
郑彩恭敬地道：“回禀陛下，已经整编好了。”
郑彩在弘光时期是郑鸿逵所领镇江水师副总兵，后郑家彻底归附朝廷，郑彩依旧在水师任副总兵。
直到郑鸿逵被调去担任南洋水师提督，他才被提拔为水师第七镇总兵，驻守靖江，负责苏淞常一带的水域安宁以及一些军资运送任务。
至于阎应元，此前带领青龙营部分舰船在南洋历练，跟着郑鸿逵参与了收复东蕃岛之战、攻取吕宋、米沙鄢之战，累功升职为青龙营副总兵。
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